企业在实施员工自主经营管理时，一定要保证经营单元的划分具有其独立性和完整性，确保划分的过程是按照企业的流程运作的，工作内容符合每个经营单元的工作特性，同时所划分的经营单元能够独立完成一项任务。

每个经营单元都是为贯彻企业的价值观和原则方针，为某一特定业务而建立的，能够通过钻研创新进行改进的及具有最小的职能权限的小型组织。这样的小型组织还具有专门的领导者，可以对其工作任务和进度进行统一筹划和安排，监督整个小型组织的运转状况，并且能够有明确的收入和支出计算，可以进行独立的绩效核算。只有这样，划分出的经营单元才具有有效性，才能长期合理地运转下去，从而保证企业的员工自主经营管理顺利实施。