流程管理的最高决策组织不同公司的设置不同。比较大规模的集团公司，通常会设置类似流程管理委员会或流程变革管理委员会的组织，通过这些虚拟组织来集体决策，实现利益的平衡；规模稍微小一点的企业，往往通过董事长、总经理或代表他们行使权力的部门如总经办来行使决策职权；当然也有些公司将这个决策权下放到CIO或流程管理部门的行政主管来决策，相对来说这种情形要少些。

在决策组织的设置上，目前比较常见的误区是盲目地成立流程管理委员会或流程变革管理委员。很多公司，规模相对比较小，管理相对也比较简单，在推行流程化管理的时候，为了显得郑重其事设置了一个虚拟组织来做决策。应该说出发点是好的，虚拟组织可以群策群力，在这个过程中实际也是培养干部、选拔干部的试验场。但实际在运作的时候往往会出现比较尴尬的现象，原定的运作方案可能是按周或月的频次召开，实际操作的时候发现无会可开，没有议题或待决策事项，勉强开吧大家都尴尬，长时间不开的话就会名存实亡，没有真正起到作用。所以在设置虚拟决策组织的时候需要谨慎，只有组织足够复杂仅靠个人已经无法有效决策的时候设置才是比较合适的。

虚拟的决策组织另外一个替代方案是将流程管理相关议题放到总经理办公会或高管例会上来决策，作为其中一个例行的待决策事项（议题），有则提出来无则直接跳过。当然，如果公司有现成的委员会，如经营决策委员会等，也可以把流程变革相关的争议或待决策事项列为常态化事项处理。这种方式既发挥了群策群力的好处，又避免了独立设置流程管理委员出现无会可开的尴尬场面，一举两得。当然，每个企业所处的发展阶段不同，很难绝对地说哪一种方式更好，只能说合适的就是最好的。

需要说明的是流程管理决策机构并非事无巨细都去管，主要负责对关键流程与变革事项进行决策，如流程与变革路标、跨L1流程领域的争议问题等，调动资源确保流程建设按预期计划推进。