朱元璋称吴国公时，就以元代的集庆路为应天府，作为自己的统治基地。到称帝以后，定都应天府，称为南京，并以北宋汴梁（开封）为北京，自己家乡临濠（洪武六年改为凤阳）为中都。洪武十一年（1378年），去掉开封的北京称号，改南京为京师。太祖晚期，曾有过在关中建都的设想，并派太子朱标考察。但不久太子去世，其事遂寝。应天府城经过历代整饬修葺，且湖泊丘陵交错，故为不规则形。但其统治中心的皇城和宫城，则为规则形态，其建筑规制和布局方式承袭了隋唐长安的基本框架。与唐制不同的是皇城围绕在宫城之外。

宫城正南以午门为界，内为宫禁，外为皇城。午门和皇城之间，有端门和承天门（相当于今北京的天安门）。承天门之外有外五龙桥，午门之内有内五龙桥。午门到承天门之间，左为太庙，右为社稷坛。午门之内，为前朝后寝格局。前朝正殿为奉天殿，前有奉天门，左右分别通向东华门和西华门。奉天殿和奉天门，是举行大朝和重大礼仪之地。奉天殿东西两侧分别为文华楼和武英楼。奉天殿之北，依次为华盖殿和谨身殿。谨身殿之北进入后寝，依次为乾清宫、省躬殿、坤宁宫，乾清宫东西两侧为奉先殿、柔仪殿、春和殿等。

从承天门之南，到皇城正南门洪武门，御道街衢两侧，为中央衙署机构所在地，五府六部都设在这里。出洪武门，则通达府城南门正阳门。

成祖朱棣即位后，改北平府为顺天府，改北平布政使司为北京，营建新都。至永乐十八年（1420年），以北京为都城，称京师，不再称行在，但南京的都城地位仍然保留，称留都。到永乐十九年，群臣科道借三殿火灾多言建都北京不便，要求迁回南京，成祖大怒，杀了言辞激烈的主事萧仪，命反对建都北京者跪午门外112。仁宗即位后，夏原吉还请求迁还南京，以省供应。仁宗迫于众议，命北京诸司仍加行在二字。此后，正式文书中一直称北京为行在。直到英宗正统六年（1441年），才取消了北京的行在头衔。土木之变后的迁都之议，实与北京长期的行在地位有一定关系。

明代的两都制，意义重大。丘濬总结古代两都制后，论明代两都的意义说：“仰惟我高皇帝定鼎金陵，天下万世之大利也；文皇帝迁都金台，天下万世之大势也。盖天下财赋出于东南而金陵为其会，戎马盛于西北而金台为其枢。并建两京，所以宅中图治，足食足兵，据形势之要而为四方之极者也。用东南之财赋，统西北之戎马，无敌于天下矣。”113

后金起于关外，本明建州之地，清太祖之前，其部落酋长称满住，即满洲。“居长白山东俄漠惠之野俄朵里城，号其部族曰满洲，满洲自此始。”114自太祖努尔哈赤起，与明朝对峙时自称满洲国皇帝，国名又曰大金，明人称后金。至太宗时，营建盛京城为都。天聪十年（明崇祯九年，1636年），改国号为清，定年号为崇德115。清朝入关后，以北京为都城，以盛京为奉天，保持两都建制。

北京的建筑布局与南京相仿，皇城外绕宫城。宫城又名紫禁城，西临万寿山和太液池，北靠景山，南对正阳门。宫城正南门为午门，外通向端门和承天门（天安门），午门和承天门之左为太庙（今劳动人民文化宫），之右为社稷坛（今中山公园）。宫城建制与南京相同，前朝三大殿为奉天殿（后改称皇极殿）、华盖殿（后改称中极殿）、谨身殿（后改称建极殿）。三大殿两侧，有文华殿和武英殿。后寝部分有乾清宫、交泰殿、坤宁宫。清代改皇极殿为太和殿，屡次增修，今殿为康熙三十四年（1695年）所修。太和殿是大朝、登基以及各种重大庆典之地，是紫禁城的最大建筑。中极殿在清代改名中和殿，是举行大典演习礼仪之地，皇帝前往太和殿时在此小憩并接受内阁、礼部与侍卫执事人员的朝拜。建极殿清代改名保和殿，是皇帝宴请外藩王公和朝廷大臣的地方，雍正以后为科举殿试之地。后寝部分的乾清宫是皇帝寝宫，坤宁宫是皇后寝宫，两宫之间的交泰殿为内廷礼堂。乾清宫和坤宁宫两侧，各有六组院落，称东六宫和西六宫，每个院落都由前后殿和东西庑组成。东六宫以南，有奉先殿、斋宫、毓庆宫；西六宫以南，有养心殿。在清代，养心殿为皇帝处理日常政务之地，其正间用来接见官员，其西间用来阅览奏折和议事，东间曾被慈禧用来垂帘听政。宫城正门承天门顺治时改为天安门，作为宣诏颁制、金殿传胪、秋审朝审之地。

承天门之南到皇城南门正阳门之间，人称千步廊。明代的中央衙署，都分布在千步廊两侧。东侧依次为宗人府、吏、户、礼、兵、工部和鸿胪寺、钦天监、太医院，西侧依次为中、左、右、前、后五军都督府和太常寺、通政司、锦衣卫。