由于佛教势力的快速扩张，僧尼人数大为增加。为了加强对僧尼的管理，东晋南朝普遍设置了僧官。魏晋南北朝从何时开始设置僧官？其确切时间已经无法稽考。可以肯定的是，南朝的僧官设置已然比较普遍，当时京师建康有“都邑大僧正”“都邑大僧都”等僧官名称，地方上则称为“僧正”或“僧都”。“僧正”又称为“都邑僧主”。设置僧官的目的，主要是为端正寺僧纪律，并负责管理、沙汰僧尼，将那些假冒僧尼揪出来，以整顿僧尼的秩序。当然，僧侣之间发生的诉讼案件，也全部由僧官依照佛教戒律处理，僧尼犯事不在世俗法律管辖范围。

僧官的人选，多数情况下自然都是由僧侣充当，但也有少数“俗人”担任僧官，即所谓的“白衣僧正”，例如梁武帝就曾经想当“白衣僧正”。为什么叫“白衣僧正”呢？道理也很简单，因为僧侣的服装都是黑色或灰色，所以普通人出任僧官，就称为“白衣僧正”。特别要说明的是，僧官并不仅仅只在寺院中普遍设置，甚至国家的职官机构中也出现了与之相关的官职，如梁朝就曾设有“功德局”“都功德主”等职官。僧官的普遍设置，表明佛教和国家政治生活之间有密切关系，佛教势力的扩张已经引起皇权的充分注意，因此，国家这才要设立僧官以加强管理，以便使佛教更好地服务于世俗皇权。

由于佛教深入宫廷，为帝王将相所信奉，因此有些佛教徒就获得参与政治的机会，于是僧尼干政事件的出现就不可避免了。南朝僧尼干预政治，有史可查者始于宋文帝刘义隆统治时期。当时有个名僧释慧琳（生卒年不详，扬州秦郡【秦县】即今江苏南京六合区人，俗姓刘，释道渊弟子，住建业冶城寺，曾撰《白黑论》，亦名《均善论》《均圣论》，该书主要内容针对当时佛教与反佛教双方争执的问题，假设代表儒、道的白学先生和代表佛教的黑学先生，二者相互辩论，对佛教的基本理论特别是“来生说”颇多讥评，故该书一出即遭到众多僧侣的驳斥），因为得到宋文帝的赏识而权重一时，竟得“黑衣宰相”之称，有人认为沙门参与政治即始于慧琳。

还有一点，就是由于后宫嫔妃也普遍信佛，一些尼姑因此得以进入皇家禁地。如汤用彤先生就曾指出：“尼媪出入宫禁及贵人闺闼，为刘宋政治上颇显著之事。”刘宋时期的宫廷政变，几乎每一次都有尼姑参与。如宋文帝时有王国寺尼姑法净，经常出入彭城王刘义康家中，后来她和沙门法略一起促成了孔熙先（？—445，孔子后裔，奉圣亭侯孔隐之之侄，官至散骑员外郎，通文史、星算，精医术，445年十一月，徐湛之告发范晔、孔熙先等密谋拥立彭城王刘义康，遂致孔氏一门多人被杀）的谋反事件；孝武帝大明二年（458），又发生沙门昙标等人起兵谋叛的事件，叛乱被镇压以后，孝武帝刘骏因此下令对僧尼进行清理整顿。

东晋南朝僧尼干政，几乎是从中央到地方普遍存在，这是因为当时的王公贵人、各级官僚基本上都和僧尼有往来。南朝有一个很奇怪的政治现象，就是官员如果从中央到地方任职，一般都要聘请“名僧”随自己一同就任，甚至皇帝也鼓励大臣们这样做。

这方面的例子很多，例如孟顗，出任会稽太守时，就邀请名僧昙摩密多（356—442，意译“法秀”，罽宾即今中亚喀布尔河流域之城邦人，宋文帝元嘉时期辗转来至建康，深得宋文帝袁皇后、太子、公主之崇敬）和自己一起去会稽，并为他修建了寺院佛塔；谯王刘义宣出镇荆州，邀请求那跋陀罗（394—468，意译“功德贤”，中天竺人，435年经狮子国即今斯里兰卡来到广州，宋文帝遣使迎至建康，从事译经工作，颜延之、彭城王刘义康、谯王刘义宣皆以师礼事之）和自己同去；颜竣出任东扬州刺史，邀请释慧静（生卒年不详，俗姓王，东阿即今山东东阿人，宋文帝元嘉年间圆寂）同行；王奂（435—492，字道明，小字彦孙，琅邪临沂即今山东临沂人）出镇湘州，邀请志道和自己一道赴任。这样一来，佛教势力就在不知不觉中，渗透到东晋南朝的地方政府机构。当然，这些名僧对地方政务干预的程度，以及地方官员在行政中受到佛教的影响有多大，这些问题需要进行专题研究之后，才能做出最后的结论。

南朝宗室诸王与佛教更是有不解之缘，宋、齐、梁、陈信佛的王子人数众多。据汤用彤先生的统计，刘宋至少有12位、萧齐至少有13位。至于梁朝，在梁武帝的影响下，诸王几乎全都迷信佛教，除梁武帝的8个儿子外，至少还有10位宗室诸王迷信于佛教。陈朝也有5位王子信佛。南朝诸王从幼年时代起，就接受了佛教的影响，年长就学以后，在南朝士大夫普遍信佛的世风熏陶之下，就从内心深处接受了佛教的教义，不但虔诚信仰佛祖，而且都精通谈玄说理。

南朝诸王信佛，以南齐竟陵王萧子良最为典型。从政治地位来说，竟陵王萧子良在宋齐嬗代之际，是齐高帝萧道成最为倚重的宗室亲王。但是，萧子良对佛教的兴趣大于政治。在进入齐朝之后，他和文惠太子萧长懋一起，招集名僧讲经说法。据记载，齐、梁时代最有名的僧侣如玄畅、僧柔、慧次、慧基、法安、法度、宝志、法献、僧祐、智称、道禅、法护、法宠、僧旻、智藏等人，都和竟陵王萧子良有来往。

萧子良不仅经常亲自举办斋会等佛事活动，而且还亲手抄写佛教经典。据文献记载，萧子良手抄的佛经多达71卷，另外他还写有弘扬佛法的著作116卷。大家都知道，宰相在封建皇权政治体制中处于十分重要的环节，宰相职能发挥的如何，直接影响国家政治的运作。萧子良身为南齐的宰相，本应操劳国家政事，但是他把主要精力放在佛教上，自然就要影响到行政的效率。从这个角度来说，萧子良作为宰相可谓失职。这一点，当时就已经有人指出来了。