相比检查各个元件是否被正确地焊接到指定位置上，功能测试（Functional Circuit Test，FCT）主要关注电路板的高级功能。比如，做功能测试时，可能需要把测试固件装载到待测PCBA的处理器中。

让处理器在内存和周边器件上运行诊断程序，然后经由串口把测试结果输出到个人计算机上。个人计算机将根据诊断结果在屏幕上显示为“通过”（绿色）或“失败”（红色）字样，并把详细的测试结果记录到数据库中，留待工程人员做进一步分析。

功能测试的目标是检查电路板上的各种元件能否作为一个整体协同工作，它也可以测试那些在线测试期间因探针接触不到而未能检测到的电路。比如，当一个测试点无法访问某个芯片的引脚时，你可以对该引脚进行功能测试。方法是在引脚上执行一个操作，只有引脚被正确焊接到电路板上并且功能正常时，操作才能成功。

功能测试的缺点是往往不像在线测试那样可以彻底地检查电路板的连接，最保险的做法是在线测试和功能测试都做。功能测试既可以作为在线测试的一部分，也可以作为一个单独的步骤，它通过串口、USB、以太网或其他接口与 PCBA 通信。

对大部分产品来说，最后的功能测试要等到设备完全组装好才会进行。多数情况下，在产品制造过程中的某个时间点上也会做功能测试。比如，在多板系统中，每个PCBA可能都需要做功能测试，保证其组装正确。