(1)收购方尽职调查：由于并购尽职调查的风险管理属性，通常在收购方初步确定目标公司或几个备选收购公司的时候就应该启动，并可以贯穿收购的整个过程，包括但不限于项目筛选、收购谈判、交易结构设计、并购协议的起草和修改、并购实施及并购整合等。由于收购方尽职调查往往需要被收购方和目标公司的配合，正式的并购尽职调查要等到并购双方签署收购意向书和保密协议后才能进行。

(2)目标公司尽职调查：通常是在目标公司或其股东产生出售意愿时进行，以便在潜在买家出现时及时提供企业信息，加快出售进程，缩短收购方进行尽职调查和交易谈判的时间。