股权转让价格往往是收购方应直接划付给转让方的款项，但若存在转让方欠标的公司款项的情况时，为保证现金流安全，可以通过股权转让方、受让方、标的公司签订三方协议的方式，以确保转让方欠付款项流入项目公司，而转让方实际得到的款项为股权转让价格——转让方欠标的公司款项。反过来，当标的公司欠转让方款项时，同样建议通过三方协议来解决，确保消除项目公司欠转让方的往来，并在交割过程中设置担保、交易保证金等增信方式，以避免交割失败产生损失。

同时，通常由于股权转让方可能存在外部的隐性债务，而交割时可能先要解除标的公司的资产抵押、质押、查封等情形，甚至需解除标的公司股权质押、查封等情形，情况特别复杂，股权转让方应借助律师的工作以防范交易未成却成了“垫背的”。

还有一种情况，假设标的企业净资产为-10000万元，而收购方能接受的溢价是6000万元，则转让价格为-4000万元，这样的交易如何做？若上述交易的前提是标的公司欠转让方款项，假设欠款为8000万元，这时收购方要付的现金流为4000万元，此时应在三方协议中约定由转让方向标的公司让利4000万元或更多，从而通过债务重组方式使得标的公司净资产为0或正数，在此基础上再考虑交易的价格和现金流安排。