在仓内工作中，业务量总是有起伏的，在忙时需要员工加班加点，完成工作的情况并不罕见。一些业务强度很大的仓库，甚至有连续昼夜工作的情况。加班是员工牺牲了休息时间，付出了额外的劳动，因此要对员工的加班行为给予合理的报酬。而增加的这部分报酬，对于仓库而言也是一项增加的成本支出。因此，对于加班也应进行管理，不能由员工自己决定是否加班。

在加班的制度中，需要明确三项内容：一是什么条件下的超时工作算作加班。例如计件工资岗位，薪酬依靠的是其完成的工作量计算，那么在劳动法允许的情况下，可能就没有加班的判定。二是员工加班应为仓内管理的统一安排，由哪些人，在什么时间，加班多长时间。要有规划，以便平衡仓内的日常工作及成本支出。三是加班薪酬。员工付出了额外的劳动，给予报酬是企业必须承担的责任，在制度中要明确薪酬标准及发放方式。

加班除了给予薪酬，也可以采用调休的方式进行置换。也就是将员工的休息日和工作日调换，以获得临时的工时延长。在理论上，员工是有选择薪酬或调休权利的，但需要提前和管理者协商确认，不能影响仓内的正常运营。在条件许可，且员工有意愿的情况下，可以安排调休。