必须说明的是，尽管并购财务尽职调查的作用毋庸置疑，但有其局限性。在一些并购案例中，财务尽职调查实际是无效的，因其未能正确地评价目标公司及为收购方做出正确决策提供必要的信息。

出现这一结果的原因可能是多方面的，然而最重要的原因是调查中忽视了部分重要信息及获取的信息质量不高，以致不能做出具有价值的调查报告。虽然财务尽职调查所需的原始资料大部分是由目标公司提供的，但财务尽职调查人员更应该重视外部信息和自己通过其他渠道获取的信息。此外，限于时间等原因，并购财务尽职调查有时不会采用函证、实物盘点、复算等审计方法对企业提供的资料进行核实，这就决定了财务尽职调查的结论可靠性比审计报告差。鉴于目前国内企业现状，民营企业存在一些不规范的问题，国有企业也可能存在内控缺失等问题。虽然这些问题在以后的审计中会被发现，但如果审计后的财务数据与原始报表差异较大，必然影响对目标公司的估值，甚至直接影响并购进程和结果，这都是对并购方不利的方面。

应对财务尽职调查缺陷的直接办法是委托更专业的中介机构，会有效破解目标公司设定的“陷阱”和“雷区”，而对中介机构而言，有效的“防雷”则是应对财务尽职调查局限性的不二良药。具体来说，应对目标公司“布雷”的有效“防雷”手段主要包括以下方面：

（1）关注对赌条款项下的利润增长。近几年，由于PE/VC的介入，对赌条款在IPO之外，在公司并购中也开始大量出现，往往不同的业绩目标实现对目标公司的后续收购价格影响很大。因此，目标公司可能因此殚精竭虑，力图实现对赌目标，无法实现时则可能会出现粉饰财务报表和虚增业绩的情况。

（2）关注同一客户与目标公司既存在销售也存在采购的情况，尤其是关联客户。通过虚构交易来达成虚假的财务假象是通常的财务造假手段，这尤其在平台类公司中较为普遍。而为了达到财务的平衡，往往其采购和销售的额度是高度一致的，而通过两家以上的关联公司实现销售和采购，实现资金的闭环达到虚增收入、减少成本的目的是通常的手段。

（3）关注毛利率的较大变动。如果企业本身并没有技术更新换代，但却出现了短时间内的毛利率大幅度提升的情况，应特别关注。

（4）小心在建工程和预付款陷阱。目标公司如果想实现体外补充成本的目的，则在建工程和预付款是其实现资金闭环的有效手段。

（5）关注业绩受政策影响较大的行业。如新能源汽车、太阳能、风力发电等国家重点扶持的行业，其在初创期因受到国家政策的扶持，往往会扩大生产，并因此获得巨额的补贴和订单。而一旦市场趋于成熟和理性，政策红利就不再存在，届时往往就会出现业绩大幅跳水的局面。因此，针对过于依赖政策的行业之目标公司，应重点分析行业政策红利对业绩的影响，不能盲目得出乐观结论。

（6）关注财务数据和非财务数据之间的逻辑关系。不能仅根据财务数据做出调查结论，应同时关注非财务数据与此的逻辑关系，这些数据包括现场考察的情况、生产情况、物流情况、客户情况、市场反馈等，从现金流、票据流、物流和信息流综合判断目标公司业绩的逻辑性，往往会有意外发现。

对财务尽职调查的局限性的有效补充是法律尽职调查和税务尽职调、物业尽职调查、人力资源尽职调查等，综合更多专业公司的意见更容易发现目标公司的财务问题，也有利于全面掌握目标公司的整体情况。