职能型组织结构，是指将仓内负有相同职能或相近职能的岗位、人员进行归总，组成一个部门。这样将仓内各种类型的岗位都一一进行聚拢，形成一个个不同的职能部门。各个部门间通过协同，来完成仓内工作。

职能型组织架构是比较常见的架构类型，在仓库内部应用也比较广泛。如将收货岗位成立独立的收货小组，分拣相关岗位、设立分拣小组，其他如打包小组、出库小组、行政小组、叉车组等。不同的职能部门，负责专业不同，也仅负责自己专业内的职责。因此，专业集中度较高，对于技能提升有很好的帮助。

在职能型组织中，每一个职能部门都在为全组织服务，业务的开展，是各个部门间环环相扣的协作来完成的。这就造成了在各部门间协同是一件困难的事。因为职能部门具备一定的专业性和独立性，部门中的语言、风格、对接方式和其他部门迥然不同，彼此间沟通存在困难。职能性分开，没有哪个部门是对全局负责的，收货的只管收货，分拣的只管分拣，至于订单最后是否能够按时、按量、按质出库，几乎是没有人关心的。以至于职能部门只关心自己部门的绩效，而不去看全局的需求，处理问题的方式也是从自己部门的利益出发，而非是从全局的角度出发。