流程是横向的，强调跨职能的整合与协同，职能是纵向的，强调的是领域内的精细化与专业化。流程的要求通常与职能的要求是冲突的，从端到端流程运作来看，流程是由内外部客户需求去触发的，要求面向客户与一线。但直线职能制管理模式下，企业的资源（人、财、物、政策等）却掌握在远离一线的职能部门或管理者手上，他们不了解业务，他们的思路是管控，从专业管理角度设置控制点与关卡。很显然，二者起冲突是不可避免的。所以，流程体系运作自然会被职能部门所抗拒，如果不在责任机制上调整，流程体系是无法被执行的。

流程体系建设完成之后，如果在公司的组织架构与职能职责上不做任何调整，几乎可以断言，流程体系无法有效执行。因为只有流程管理部门会关注，由于责任未变，组织还是沿袭了原有的职能管理模式，业务运作方式肯定不会发生变化。

流程体系责任机制核心在于解决流程体系闭环管理责任落实与权力分配的问题，具体包括：流程管理组织架构设置，流程管理相关组织权责分配。