在实施员工自主经营管理的过程中，要保证价值评价的科学性和严谨性。

在了解各个经营单元的投入、产出和工作任务的难易性时，要本着认真严肃的态度，获得严谨有效的数据和信息，并且踏踏实实的对这些信息进行综合整理和分析，全面考察和衡量各个经营单元的利弊状况，公平合理的分析研究，必要时还要与相关的部门进行协商和沟通。只有这样严谨的评价，才能保证经营单元在划分之初就具备所必需的公平性、合理性和公开性，从而能够在后期充分发挥其作用，使企业能够有序地实行员工自主经营管理。