组织设计是一个复杂的问题，有诸多因素会影响到最后的组织结构；流程型组织也并非万能钥匙，需要在合适的时机、合适的环境、选择合适方案和推动策略才能获得较好的效果。

影响组织设计的因素很多，从方法、工具层面来看，有很多成熟的模型，如：麦肯锡7S模型、杰·加尔布雷斯的五星模型等。从具体的影响变量来说，大致可以归为两大类：结构变量和权变因素。