基于胜任力的薪酬体系会增加企业的管理成本，提高管理难度。企业为了科学、公平、公正地考核员工的胜任力水平，必须建立一套有效的胜任力评价体系，设置评价的完整胜任力指标和行为等级标准，并对每个员工进行评价。随着企业战略的调整，企业所需要的胜任力指标也要进行相应的调整，对员工评价的胜任力评价体系就要相应的更新。所以，从建立体系、评价、更新体系、再评价的过程，往往耗时耗力，最好设置一个专门的组织来负责。即便这套胜任力评价体系不变，员工的胜任力也会不断有变化，评价工作就得频繁地开展，这对企业的管理成本是比较大的挑战。

基于胜任力的薪酬体系必须有强有力的培训体系和绩效管理体系支撑。基于胜任力的薪酬体系对企业人力资源工作提出了较高的要求。企业对员工开展评价后，员工会发现某些胜任力指标需要进一步提。同时，企业因为战略的变化也会增减一些胜任力指标，这些指标都需要开发相应的培训项目或课程，为员工提供学习和提高的机会。