明代在南京设有与北京配套的机构，清代在盛京设有与北京对应的机构，其中除部分具有一定职掌外，多数实际上是一种安排闲职养老的机构。

明代南京本来是京师，至永乐迁都后，原有机构有所裁减，如六部只留礼、刑、工三部，仁宗时补设官署，使其同北京机构大致相仿，但人员编制和职能则有了较大缩减。正统六年（1441年）定制，南京官署悉加“南京”二字。南京诸衙门中，最重要的是南京守备，以中军都督府兼任，节制南京诸卫所。洪熙元年（1425年）后又设守备太监。南京六部，长官与属司名称俱同北京，惟属员较少，事务极简。其中吏部主要职责是六年一次考察南京官吏；户部、刑部各司不预分省之事，只管南京一地的钱粮刑名；礼部主管南京祭祀及庆贺表文；兵部以尚书参赞机务，协同守备管理南京军事，“故其职视五部为特重”589，为南京六部之首；工部主管南京、凤阳等处的营建修造以及制作诸事。都察院主管南京官吏考察、提督操江、纠劾言事，六科无封驳，仅管监察六部以及言谏弹劾。翰詹则基本无职事。“南京各衙门，惟翰林院最清苦，既无职掌，亦无夫役。”590惟国子监与北京相仿，负责教授江浙闽湖两广和南直隶的生员，而且日本、流求、暹罗诸生多在南监。通政司只是给刑部收转诉状。其他寺监诸司，则仅限于南京有关事务。

明代中叶以后，在北京失势者，多调迁南京。在北京号称雄职的都察院，在南京则无所事事。隆庆万历时，张瀚掌南京都察院，称：“院在太平门外，惟操江、佥院间来同堂，四五御史，雍容礼貌，体统森严，殊无事事。”591著名清官海瑞，在北京不能为同僚所容，则被排挤到南京。随着党争的兴起，南京成为政坛倾轧的缓冲地。

清代入关前，在盛京建都，有了内三院及八衙门。入关后，以盛京为留都，以正黄旗内大臣和洛会为盛京总管。顺治三年（1646年），改内大臣为奉天昂邦章京，给其镇守总管印，统管留守盛京各曹。顺治十四年设奉天府，十五年设盛京礼部，十六年设盛京户部工部，康熙元年（1662年）设盛京刑部，三十年设盛京兵部，形成盛京五部之制，与盛京将军分掌政务军务。盛京五部官员，均为京部铨选，所以不设吏部。至光绪三十一年（1905年），裁撤盛京五部，事务归盛京将军兼管，不久建省。

盛京五部不设尚书，以满洲侍郎领其事，以宗室郎中或员外郎佐其事，以堂主事办理文移档案。户部设经会、粮储、农田三司，礼部、兵部、工部各设左、右两司，刑部设肃纪前、后、左、右四司，各司设郎中、员外郎、主事等职。盛京官职，几乎全为满洲缺，惟刑部有少量汉军缺和蒙古缺。户部经会司掌盛京银钱物品出纳，由一名掌关防监督（郎中）掌银库，粮储司掌盛京粮食出纳，由正副监督两人掌内仓，农田司掌盛京垦田升科征税及户籍婚姻。礼部专掌盛京祭祀，左司掌祭祀物品供应及供祭之田庄园圃，右司掌祭祀物品调拨及庙宇僧道管理。兵部掌盛京军政军械驿站，左司专管驿站，右司掌边门稽察和盛京仓、驿、守边官的铨选考试。刑部分理盛京旗人及边外蒙古刑狱，肃纪前司和肃纪左司掌盛京十五城旗人诉讼，肃纪右司掌柳条边外蒙古诉讼，肃纪后司掌私挖私贩人参案件。工部左右二司分掌盛京营缮工程，下有银库、火药库、秫*（读音shú，高粱）秸厂等。